在已經建立倉儲管理信息系統的企業中，大多數建立倉儲管理信息系統的企業都認為，系統不能針對自身行業的特點進行有效的倉儲管理，甚至還有很多的企業目前都沒有建立倉儲管理信息系統的計劃。
供應鏈上下游企業之間的物流信息化標準一般都沒有進行統一的規定，這就使得這些企業之間的倉儲信息系統對接和數據資源共享成了問題，較差的兼容性嚴重制約了供應鏈上下游企業之間倉儲信息系統之間的數據信息共享。
國內倉儲管理信息系統的開發人員大部分對倉儲基本的業務流程都不能熟練掌握，即使能開發出來倉儲信息系統，但也不能符合國內企業對倉儲管理的實際需求，而且能對高層管理者提供決策幫助的倉儲管理信息系統更是少之又少。
倉儲管理信息系統的開發人員對信息系統的設計開發目標不夠明確，不能很好地了解企業對倉儲管理中的實際需求，而能將倉儲管理系統的核心——管理思想融入其中的更是為數不多。各個行業真正需要的倉儲軟件，不僅是運用成熟的、先進的信息技術，還要結合先進的管理和豐富的倉儲業務經驗的管理軟件。
